ファクタリングと売掛債権担保融資は売掛債権を利用した資金調達法という点で共通していますが、細部を丁寧に比較すると意外に大きな違いもあります。手数料や金利についても両者は大きな違いが見られ、一般的にはファクタリングの方が手数料が高めというのが常識となっています。この見解は決して間違いではありません。しかし、売掛債権担保融資にしか発生しない手数料もありますし、手数料を低めに設定しているファクタリング会社も登場していることから、一概にどちらが安いとは言えない状況も考えられるようになりました。
まず、両者を比較するうえで忘れてはならないのは、債権譲渡登記についてです。債権譲渡登記とは法務局で行う手続きのことで、売掛債権の権利関係が移転したことを届けるものです。登記を行うことによって、譲受人は権利を第三者に対しても主張することができるようになります。そして、売掛債権担保融資を用いた場合は、この手続きが原則として行われます。
ファクタリングにおいても債権譲渡登記が行われるケースもありますが、現状ではそれほど多くはないようです。つまり、売掛債権担保融資を用いた場合は、金利負担以外にも債権譲渡登記にかかる費用（1件当たり7、500円の登録免許税など）が発生することも忘れてはなりません。さらに、この登記を延長したり、抹消する際にも手数料が発生します。延長登記は1件につき3、000円、抹消登記は1件当たり1、000円です。
このように両者を比較すると、債権譲渡登記に関する費用などの諸費用がかかることがわかります。この他にも細かい費用が請求される可能性もあります。これらのサービスを利用する際には、手数料率や金利だけの着目するのではなく、諸費用も考慮したうえでどちらが有利なのかをしっかりと検討する必要があるでしょう。